Les données du Health Data Hub sont actuellement hébergées par Microsoft Azure. Un choix remis en cause depuis l'invalidation du Privacy Shield en raison des risques de divulgation de données aux autorités américaines sans l'autorisation des intéressés. Le Conseil de la Caisse nationale de l'Assurance maladie recommande le lancement d'un appel à projets avec l'ouverture d'un appel d'offres. Il recommande également la mise en place d'un calendrier de migration, ce que le Health Data Hub est justement en train de faire.
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